Cresceu viajando com seu pai, por quem foi educado, herdando dele o legado de ser médico e alquimista. O acompanhava pelas montanhas e povoados, observando os conhecimentos e técnicas do pai. Pegou gosto pelas plantas e ervas e fazer remédios a partir delas. Já jovem, foi enviado para o mosteiro de Santo André, na Savônia, onde teve sua formação nos estudos e de lá enviado para à Universidade de Basileia, onde mais tarde chegaria à ser professor, chegando a ser aluno de Johann Trithemius.
Era um doutor, e suas pesquisas levaram à descobertas revolucionárias na medicina. Suas descobertas o fizeram ter de enfrentar a oposição dos outros professores da Universidade, sendo acusado de se opor aos padrões de medicina da época e foi consequentemente suspenso e proibido de dar aulas naquela Universidade. Acusou seus opositores de incompetência e seguir tratando de ricos e pobres pela Europa com sua medicina inovadora.
Como alquimista foi o primeiro a fazer relato do homunculus, que seria um ser humano minúsculo que poderia ser criado artificialmente. Era ocultista, tendo conhecimento de hermetismo e astrologia, usando esta última em sua forma de exercer o seu ofício de médico. Apesar disto, detestava ser considerado um mago ou místico, e desprezava quando o consideravam como um.
Morreu em Salzburgo, num hospital, sonhando ter fabricado o Elixir da Longa Vida. A causa da sua morte é uma incógnita, mais supõe ter sido vítima de feridas infeccionadas, que adquiriu quando sofreu, embriagado, um acidente numa taberna. Seu corpo foi velado na igreja de São Sebastião e, como exigia seu último desejo, foram entoaados os Salmos 1, 7 e 30.
